Como faço para gerar notas fiscais para carnês já gerados e entregues aos clientes?

Uma vez que os documentos já estão gerados, você deverá utilizar a ferramenta de edição expressa para emissão das notas fiscais.

Primeiro, você deve se certificar que os planos estão parametrizados corretamente. Para isso, acesse o menu Empresa > Clientes > Planos > Cadastro e observe o campo Nat Oper. Ele não deve estar preenchido com o texto (Proc. Outro Sistema) ou Emissão desobrigada legalmente. Caso esteja, não haverá geração de nota fiscal para os contratos daquele plano. Neste caso, parametrize os dados fiscais para todos os planos que deverão gerar notas fiscais.

Após ter certeza que os planos estão parametrizados corretamente, acesse a ferramenta através do menu Utilitários > Edição Expressa. Em Tipo de operação, selecione a opção Fiscal. Informe os campos obrigatórios - intervalo de vencimento dos documentos, conta corrente e histórico e em seguida clique na opção Gerar Notas, no bloco Fiscal. Confirme a operação e clique no botão Executar, localizado na barra de ferramentas inferior.